至上而下，夜神殿共分为‘天’、‘地’、‘人’三界。‘天界’居住的是聆听夜神旨意的历代圣女，包括负责外务的教主和镇教长老，乃是凡人和普通教众不可逾越的天国仙境；
‘地界’则是夜神殿最主要的架构，分‘春花’、‘秋月’、‘夏风’、‘冬雪’四堂，每一堂都由堂主和祭司共同掌管，负责完成夜神殿中的各项任务。
至于‘人界’，便是负责夜神殿日常的伙食、住宿、衣物等杂务，也包括招募和训练像你这样的新人。不久之后等你正式加入夜神殿，便是要先进入‘人界’接受各项武技训练，待到三五年后，倘若学有所成并且通过考核，便能跻身进入‘地界’，成为夜神殿四堂中的一员，足以在南疆地界上横行无阻。”